◆マリンサイエンスホール
直接手を触れて実験装置を動かしたりしながら、海そのものを理解する展示がそろっている。「津波の実験水槽」では、海底が沈み、持ち上がることで起きる高さ15mの大津波を50分の1に縮めて見せてくれたり、「海の音カプセル」では騒々しい魚の声を聞けたり、直径1mにした地球の海の水はコップ何杯分か?というような、海の不思議を学ぶことができる。

◆機械水族館
海の生き物の行動や機能を分析し、そのデータを基にして作り出された機械の動物(メカニマル)を紹介展示。エイがモデルの「ハバタキマンタ」やウミガメ型の「オヨギマンネン」などネーミングもユニークで、本物の魚と一緒に泳ぐメカニマル、入館者が操縦できるメカニマル、自分で考えて行動するメカニマルなど、41種150匹がそろっている。

◆3Dハイビジョンシアター
立体映画の「マリンファンタジー・イン・オキナワ」を上映中。実際に飼育することが難しい巨大なオニイトマキエイが、目前に迫ってくる。生き物たちは、ほぼ等身大の海中映像で、海の中を潜っているような疑似体験を楽しめる。

◆円柱水槽
南の海から北の海へと海中散歩を楽しめるように、工夫をこらした大小31の水槽が並ぶ。イワシやクラゲ、水深1000mにすむカニや深海魚、拡大して見せてくれる微小動物などを見ることができる。
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